En el año de 1999 se crea el Departamento de Sistemas con la finalidad de resolver una gran cantidad de problemas generados por el mal manejo de la información.
En ese entonces el Departamento contaba con una sola persona (Lic. Auréo J. Calcáneo Díaz) para la realización de diversos tipos de actividades concernientes a un área de Informática. Se encontraba desde un principio debido a la falta de espacios en el Hospital en el área de Enseñanza e Investigación, posteriormente en Junio de 2002 se asignó un departamento en el Cuarto Piso del Hospital Rovirosa acondicionándose este como una granja de Servidores. Dentro de las tareas que se realizaban se encontraba el mantenimiento y configuración de los equipos de cómputo, además de la programación de sistemas para determinadas áreas como el inventario de Bienes Muebles del Almacén de este Hospital. Otra de las labores realizadas era el Diseño de publicidad para los eventos del Hospital. Además del diseño y adecuación de información del Departamento de Planeación y Estadística, así como el mantenimiento a la base de datos del Sistema de Información Gerencial (SIG). Se daba apoyo al área de Vigilancia Epidemiológica en los problemas que presentaba el Sistema de Cáncer Cérvico Uterino y el Sistema RHOVE.
En ese mismo año se inició el estudio del Proyecto de Red del Hospital quedando concluido ese mismo año, proyecto que tiene sus resultados en este momento, ya que actualmente contamos con una red LAN Gigabit. Otra de las funciones de este departamento era el de asesorar en las compras que de equipos de cómputo a las áreas de Recursos Materiales, Subdirección Administrativa y Almacén. También se prestaba asesoría al Departamento de Recursos Financieros. En el año de 1999 se instalaron en el área de Recursos Humanos 5 relojes checadores electrónicos con la finalidad de agilizar los trámites de admisión del personal del Hospital. A la fecha ese Sistema continúa funcionando y se han actualizado los equipos de cómputo necesarios para su correcto funcionamiento.
Como miembro de la Sociedad Médica del Hospital Rovirosa se diseño la revista "Médicos del Hospital Rovirosa" siendo el Lic. Auréo J. Calcáneo Díaz el Jefe de Editores. Este Departamento también participa en el comité realizador de los eventos de Jornadas Médicas junto con la sociedad Médica del Hospital Rovirosa, el Departamento de Enseñanza y la Dirección.
En el año 2000 se adquirió un Tomógrafo para el Departamento de radiodiagnóstico y una red para visualización de imágenes digitales que contaba con 5 terminales distribuidas en quirófano, Medicina Interna, Urgencias y dos más en el Departamento de radiodiagnóstico. De esta manera se comenzó a rediseñar el proyecto de red en el que se había estado trabajando con la finalidad de poder generar un proyecto que cumpliera con nuestras expectativas a corto, mediano y largo plazo. Las modificaciones que se hicieron a este fueron el cambio de equipos de comunicación que pudieran dar un ancho de banda suficiente para el envío de imágenes digitales.
En el siguiente año (2001) se adquirió la resonancia magnética de 1.1. Tesla y se incrementó la red de imágenes en otras áreas del Hospital. Se adquirieron equipos de cómputo para las diferentes áreas del Hospital y se continuó con cada uno de los apoyos a diferentes áreas que anteriormente se han descrito.
En el 2002 se iniciaron los trabajos de la red con la instalación de tubería y la tendida del cableado para el primer piso además de la adquisición de equipos de computo y servidores de alta disponibilidad para el almacenamiento de imágenes y para la comunicación por medio de Internet así como un servidor para la página Web del Hospital Rovirosa.
Se incorpora al Departamento la Lic. Ana Julia García Rivera quien es Licenciada en Informática y que se encarga de trámites administrativos, así como de la planeación y ejecución de los proyectos de interés del hospital. En ese entonces otra de sus tareas era la de atender llamadas para la revisión de equipos que presentaban fallas.
Se terminó la instalación de la red del primer piso, y se configuraron los servidores de página Web y Proxy respectivamente. Se pusieron a prueba para la localizaci6oan de fallos, funcionando correctamente.
En el año 2003 se montó la página Web del Hospital Rovirosa, y se configuraron los servidores de almacenamiento de imágenes de Radiología y se iniciaron los trabajos de la instalación de la red del Segundo piso del Hospital. Se anexan al Departamento el Lic. En Sistemas Antonio Simón Ascencio Hernández quien es el encargado del análisis y diseño de sistemas de información y apoyo al programa de Certificación del área de Urgencias, el Técnico Luís Miguel Torres Pérez y el Sr. Mauro A. Ordóñez Méndez quienes se encargan del Mantenimiento de Equipos y resolución de problemas de impresión así como de la solución de problemas de conexión con la red. En el año 2005 se comisiona de la Secretaría de Salud a este departamento al Diseñador Gráfico Jorge Jiménez Salvador, el cual se encarga de la nueva imagen y actualización de la página Web y el diseño y actualización de la intranet, así como el diseño de la publicidad de este hospital; posteriormente se contrata a la C. Adriana Guzmán Jiménez quien se encuentra en el horario vespertino ayudando a las labores de mantenimiento preventivo y correctivo en los equipos de cómputo .Así mismo se puso en funcionamiento el programa del Estado de Salud de pacientes hospitalizados en este hospital, para así poder proporcionar una mejor información sobre el estado de estos.
En el año 2006 se contrata al C. Mario De La Cruz Sosa el cual se encuentra en el horario vespertino ayudando a las actividades de mantenimiento de los equipos de cómputo.